O suprimento d'água provém dos copiosos e perenes mananciais da alterosa serra do Mar, ou de Paranapiacaba, como aí se denomina, a qual, à distância de 15 a 20 quilômetros do litoral, se levanta bruscamente a mais de 800 metros de altitude sobre o nível do mar, nos pontos mais baixos da cumeada; nessas alturas acha-se uma das regiões mais pluviosas do Brasil, sendo que aí observou-se a maior queda anual de chuva entre nós registrada.

Nascidos das alcantiladas abas, cobertas de matas da referida serra, vêm os dois pequenos rios Cubatão e Mogy, com o curso de 30 e 18 quilômetros respectivamente, desembocar conjuntamente no fundo do vasto estuário, que encerra a ilha, em que é situada a cidade de Santos, tendo antes corrido, em sentido contrário, por vales quase paralelos ao litoral, entre a serra principal e os altos espigões ou contrafortes do mesmo nome que os referidos rios.

Avolumam-se estes, sobretudo o Cubatão, com as águas de numerosas nascentes e de riachos que se despenham de grande altura, nomeadamente o rio das Pedras, cuja altíssima cascata avista-se da cidade em alva faixa, destacando-se sobre o verde sombrio das florestas.