Naquela época, a população rural começava a se adequar à nova condição do município em fase de industrialização, vendendo suas terras e ocupando novos bairros. O processo imigratório, a procura de novos empregos gerados pela industrialização e o despreparo da mão-de-obra resultaram no aparecimento desse núcleo.

No dia 13 de fevereiro de 1966, um grupo de moradores fundou a primeira entidade do bairro, a Associação Beneficente dos Moradores da Vila São José, que teve eleito como primeiro presidente Manoel Martins. Este grupo trabalhava voluntariamente, limpando valas e carpindo matos, além de promover eventos como uma famosa queremesse liderada por Benedita Gertrudes dos Santos, diretora de eventos naquela época.

O bairro Vila São José surgiu da necessidade de abrigar os moradores remanescentes da Vila Socó, favela destruída por grande incêndio de um oleoduto da Petrobrás que passava sob os barracos, em 24 de fevereiro de 1984, quando morreu cerca de uma centena de pessoas. Os moradores não se cansaram de lutar por melhores condições de moradia, entrando em grande conflito com as tropas de choque da Polícia, quando homens e mulheres jovens ou idosos tiveram de ser atendidos em hospitais, com graves lesões.

Em 1986, outro grupo de moradores, liderado por Elias José Soares, deu novo nome à antiga associação beneficente, que passou a se chamar Sociedade de Melhoramentos da Vila São José - que, mesmo assim, continuou sem sede própria, sendo este um dos objetivos perseguidos pelos moradores em anos mais recentes.

O local é favorecido pela proximidade do bairro da Vila Nova, onde a população se beneficia dos recursos existentes. Localiza-se entre a Via Anchieta e a Av. Dr. Tancredo de Almeida Neves, nas proximidades do bairro da Vila Nova, ocupando área de 13,1 hectares.

Na imagem abaixo, em primeiro plano, o trecho enlameado no jardim é devido a um amplo trabalho de manutenção e substituição dos dutos, que estava sendo então realizado, no início de 2004:

1962 é considerado como o ano da fundação do bairro, que em 2004 incorporou às comemorações de seu aniversário a Festa do Frango, realizada nos meses de maio numa parceria entre a Prefeitura Municipal de Cubatão (por meio da Administração Regional da Vila Nova) e a Sociedade de Melhoramentos da Vila São José.